Identifikasi variasi genetik kerbau lokal jawa timur (Bubalus bubalis) dari wilayah yang berbeda berbasis mikrosatelit sebagai pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika

ABSTRAK

Riyanto. 2010. Identifikasi variasi genetik kerbau lokal jawa timur (Bubalus bubalis) dari wilayah yang berbeda berbasis mikrosatelit sebagai pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika. Tesis, Program studi Pendidikan Biologi, Program Pascasarjana, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (1) Dr. agr. Mohamad Amin, S.Pd., M.Si. dan Pembimbing (II) Dr. Abdul Gofur, M.Si.

Kata kunci: variasi genetik, kerbau lokal Jawa Timur, mikrosatelit, bahan ajar.

         Salah satu propinsi di Indonesia yang memiliki populasi kerbau cukup banyak adalah Jawa Timur. Jumlah populasi ternak kerbau di Jawa Timur dari tahun 2003-2007 mengalami penurunan secara drastis. Tahun 2003 jumlah ternak kerbau 110.685 ekor sedangkan tahun 2007 jumlahnya 53.364 ekor, selama 4 tahun mengalami penurunan sekitar 50%. Apabila hal ini berlangsung terus menerus dikhawatirkan suatu saat akan mengalami kepunahan dan kehilangan plasma nutfah. Kehilangan plasma nutfah dapat dihindari dengan deteksi keragaman genetik, salah satu cara untuk deteksi keragaman genetik dapat dilakukan melalui pendekatan dengan pengamatan morfologi dan molekuler. Salah satu penanda molekuler yang dapat dimanfaatkan dalam kegiatan identifikasi genetik adalah mikrosatelit

         Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui: (1) variasi fenotip kerbau lokal di Jawa Timur dari wilayah Banyuwangi dan Blitar; (2) variasi genotip berbasis Mikrosatelit kerbau lokal di Jawa Timur dari wilayah Banyuwangi dan Blitar; (3) bagaimanakah hasil penelitian dapat digunakan sebagai pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika.

         Pengamatan pola variasi genetik dilakukan mulai tahapan isolasi DNA yang dilanjutkan dengan elektroforesis dengan menggunakan gel agarose setelah itu dilakukan PCR dan dilanjutkan dengan elektroforesis gel poliacrilamid. Dari elektoforesis gel ini didapatkan band yang kemudian dianalisis dengan menggunakan GENEPOP ver. 3.1d.

         Hasil analisis menunjukkan bahwa variasi genetik populasi kerbau Blitar lebih  tinggi apabila dibandingkan dengan populasi kerbau Banyuwangi. Hal ini dapat dilihat dari rata-rata nilai informasi polimorfik alel pada populasi kerbau Blitar yaitu 55% sedangkan rata-rata nilai informasi polimorfik pada populasi kerbau Banyuwangi yaitu 47%.

         Nilai frekuensi alel ketiga lokus mikrosatelit populasi kerbau Blitar berkisar antara 0,06 sampai 0,65, sedangkan nilai frekuensi alel ketiga lokus mikrosatelit populasi kerbau Banyuwangi berkisar antara 0,07 sampai 0,63, setelah diketahui nilai frekuensi alel, maka analisis dilanjutkan dengan penentuan nilai heterosigositas. Nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Blitar dari ke tiga lokus sebesar 41,50%, sedangkan nilai rata-rata heterosigositas dari populasi kerbau Banyuwangi ke tiga lokus sebesar 27,60%. Angka ini menunjukkan bahwa nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Blitar lebih tinggi apabila dibandingkan dengan nilai rata-rata heterosigositas pada populasi kerbau Banyuwangi.

         Hasil penelitian ini dapat diaplikasikan dalam pembelajaran terutama untuk pengembangan bahan ajar mata kuliah genetika bagian genetika populasi beserta penuntun praktikumnya.

         Bahan ajar dan penuntun praktikum yang telah disusun, dapat digunakan oleh dosen dan mahasiswa program studi pendidikan biologi untuk lebih memahami prinsip-prinsip dasar genetika khususnya genetika populasi.